Bu tarihten itibaren Şeybânîler adıyla da anılan Özbekler, ilk zamanlar, Çağatay Hanı Mahmud Hanın himayesine girerek Türkistan’a yerleştiler. 1500 yılında Timuroğulları Devletindeki iç karışıklıktan yararlanarak, Buhara’yı zaptedip, Timur Hanedanına son verdiler. Mâverâünnehir tahtına, Muhammed Şeybânî geçti. Timur soyundan gelen Hüseyin Baykara’nın hüküm sürdüğü Harezm’i ve Hüseyin Safi’nin idare ettiği Hîve’yi de ele geçiren Özbekler, Çağatay Hükümdarı Yunus Hanın torunu Babür ile uğraştılar. Yapılan bir savaşta, Babür’ü mağlup ederek Taşkent’e çekilmek zorunda bıraktılar. Horasan tarafına da seferler düzenleyip, Belh ve Herat’ı ele geçirdiler. Çağatayların elinde bulunan Taşkent’i de zapteden Özbekler, Çağatay Hanı Mahmud Han ile kardeşi Ahmed Hanı esir aldılar. Böylece Türkistan, Mâverâünnehir, Fergana ve Horasan bölgelerine hakim olup, Orta Asya’nın en güçlü devleti hâline geldiler.